プログラミングのネタ帳

30代からプログラミングをはじめた。記憶力が悪いのでメモ代わりに。

2021-03-26から1日間の記事一覧

record_type='3d'と指定し、3次元座標情報をもつcompoundオブジェクトを生成する

前回からの続き myprograming-tips.hatenablog.jp pcp.Compound.from_cid()メソッドの引数で,record_type='3d'とすると3次元の座標データをもつcompoundオブジェクトを得られます pcp. しかし、注意点として、3dとして入手したcompoundオブジェクトは、大部…

pubchem でxyz形式のファイルを作成する

pubchempyで対象の分子のcomformer オブジェクトがあり、かつ3dのデータがあるのであれば、xyzファイルを書き出して、 xyz形式は 1行目:原子の数 2:行目空白行 3行目以降:原子記号_or_id x座標 y座標 z座標 ・・・ 3dデータをもつcomformerオブジェクトであ…